روابط آقای خامنهای و آقای احمدینژاد در دوره دوم ریاست جمهوری او به سردی گرایید و پس از آن هم گاه حتی پر تنش بود تا جایی که رهبر ایران به صراحت آقای احمدی نژاد را از نامزدی در انتخابات اخیر ریاست جمهوری منع کرد، اما سخنان امروز رهبر ایران از نظر صراحت و تندی علیه رئیس جمهور سابق بی نظیر است.
آیت الله خامنهای پس از انتخابات جنجال برانگیز سال ۱۳۸۸ در خطبه نمازجمعه تهران گفته بود: "میان آقای هاشمی [رفسنجانی] و رئیس جمهور (احمدی نژاد) از سال ۸۴ اختلاف نظرهای متعددی درباره مسائل خارجی، نحوه اجرای عدالت اجتماعی و برخی مسائل فرهنگی وجود دارد که البته نظر رئیس جمهور به نظر بنده نزدیکتر است".
او همچنین مخالفان و منتقدان آقای احمدینژاد را که به نتایج اعلام شده انتخابات آن سال بی اعتماد و معترض بودند به "بی بصیرتی" متهم کرد. در همان دوره محمود احمدینژاد درباره رابطهاش با رهبر گفته بود: "نوع رابطه ما با مقام رهبری، فراتر از قالبهای سیاسی و اداری است و رابطه از جنس محبت، اعتقادی، و پدر پسری است."
امارهبر ایران درسخنان امروزش گفته است: "خیلی باید مراقب خودمان باشیم. امام فرمودند که ملاک، حال فعلی افراد است. امام حکیم بود، معنای این سخن آن است که هیچکس ضمانت درست بودن تا دم مرگ را ندارد."